Sí tienes razón, tendré que cogerme este año de teoría de autómatas y lenguajes formales. :)
Pero antes de que empiecen las clases seguiré "chapuceando un poco", porque podría mantener árboles de acciones y cada llamada al método process() de una acción padre llamaría también a sus acciones hijas (las etiquetas anidadas). Aunque también se complican un poco más las cosas...
Ya subí el código al CVS del proyecto:
http://www.sourceforge.net/projects/phpmarker
nos leemos, vitxo.