Para generar SWF en PHP dispones de la extensión MING .. Esa extensión no viene de "serie" instalado pero si que puedes instalarla si no disponde de ella en tus servidores. (en servicios de hosting no es comun verla y son reacios a instalaciones de extensiones de ese tipo ..)
En cuanto a la "flexibilidad" .. Generar gráficos con las ext. MING supone realizar el cálculo completo y coordenadas de tus animaciones .. pero, si mal no recuerdo hay ya "inventadas" classes que te ayudaran en la taréa cotidiana con la generación de gráficos vectoriales SWF. Recuerda que no generas un ".fla" sino un SWF ...
También tienes (si todavía exite) una extensión llamada "PHP turbo"
Para más info:
Librerias MING
www.php.net/ming
Y aplicaciones/utilidades en PHP y Flash (SWF ..)
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...Flash_and_PHP/
Un saludo,