Por ejemplo puedes usar switch() para incluir la seccion que sea segun el valor de la variable que pasas por el query string.
Código PHP:
switch ($_GET['modules']) {
case "tal_modulo":
include "documento1.html";
break;
case "otro_modulo":
include "documento2.html";
break;
default:
include "principal.html";
}
Si no era eso lo que necesitabas explicate mejor.
Saludos.