A mí me pasaba algo similar. Los div no me respetaban los z-index. Pensé que el problema era del explorer, y todavía no sé si era o no ese el problema.
Bueno, caricatos me dio una alternativa para simular el efecto z-index con javascript. Puedes verlo en este vínculo:
http://www.forosdelweb.com/s/msg151246.html