Entre PHP y javascript NO hay comunicación ..
PHP "manda" sobre javascript pues es PHP el que generá dinamicamente si lo deseas tus instrucciones Javascript que posteriormente tu navegador las interpretará ..
Así que por ejemplo .. mandar una variable PHP a una javascript .. (mandar no es el término correcto pero.. para que lo veas claro) .. se trata de generar vía PHP ese "javascript":
Código PHP:
<script languaje="javascript">
var javascript='<? echo $variable_php; ?>';
alert (javascript);
</script>
para el caso contrario de "enviar" una variable desde javascript a PHP .. debes de enviar al "servidor" .. bien sea en un link .. formulario (campos hidden por ejemplo) .. o como quieras .. En tu script PHP lo recogeras como cualquier otra variable que esperes por GET (caso de links por ejemplo) o por POST (o GET también) caso de formularios ...
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El tema que planteas de iframe y control de variables se hace INTEGRAMENTE en javascript (pregunta en dicho foro sobre parent. y afines ..) .. pues estás propagando variables en el "CLIENTE" (cliente=navegador) .. A su vez si necesitas pasar algún valor a tu página que llamas en el iframe .. se lo pasas por GET en el URL que tienes que formar del iframe
Código PHP:
<iframe etc ... src="pagina.php?variable=<? echo $varible_php ?">
Un saludo,