primero un consejo si puedes pidele al administrador de tu sitio que te de total control de tu base datos ya que lo necesitaras mas de una vez a la hora de instalar nuevos modulos o cuando tengas algun problema y no es logico que dependas de terceros cada vez que necesites o quieras modificar tu sitio.
respecto a como instalar la base de datos puedes pasarle el archivo sql a tu administrador o bien usar un instalador, a mi personalmente me gusta mas la primera opcion.
respecto a que ya tienes una pagina tradiccional con un index.html tienes tambien 2 opciones si quieres que al teclear
www.tusitio.com te salga tu pagina en php-nuke tendras que quitar el index.html, y si quieres que que al teclear
www.tusitio.com salga primero una presentacion o lo que tu quieras deja el index.html y lo enlazas a
www.tusitio.com/index.php para entrar a tu sitio php-nuke, eso ya depende de ti suerte.
