Seguro que el SQL que usas es correcto? ..
Yo usaría:
Código PHP:
$consulta2 = mysql_query("select sum(flag) as suma_todos from employees WHERE flag='1'", $conexion) or die(mysql_error());
Usé el mysql_error() para ver si hay errores SQL . si los hay se te informará .. cosa que PHP no entiende de errores SQL ..por eso hay que forzar para verlos ..
Un saludo,