Sobre la Barra en español de Google, desde hace poco viene con la opción de bloquear pop-ups también:
http://toolbar.google.com/intl/es/
Yo uso Popup Ad Filter, que es shareware y viene con la opción de no bloquear las páginas que le indiques. Me ha funcionado perfectamente, a diferencia de otros que he utilizado (entre ellos el Pop Up Stopper).
También te nombro otro programa que uso que acelera y monitorea tu conexión de Internet, a la vez que bloquea pop-ups, entre otras cosas:
naviscope
Saludos.