Buenas,
 
a ver si te sirve este script. 
Pon esto en alguna parte de <head>  
Código:
 <script language="JavaScript">
//cerrar todas las ventanas. Script por tunait!
//http://javascript.tunait.com/
//[email protected]
var cont = 0
function abreVentana(pagina)
{
cont++
eval('ventana'+ cont + "=window.open(pagina,'ventana'+cont,'')")
}
function cerrar()
{
for(m=1;m<=cont;m++)
	{
	if(eval('ventana' + m))
		{
		eval('ventana' + m + ".close()")
		}
	}
cont=0
}
</script>
  No sé cómo estabas abriendo tus popups, pero deberás abrirlos con la función 
abreVentana(pagina) de este script. Luego le pones a body ....  
<body 
onunload="cerrar()"> 
Y listos. 
Lo tengó publicado aquí 
http://javascript.tunait.com/javascr...daslasventanas por si quieres echarle un ojo. 
un saludo