En PHP dispones (si las tienes instaladas o las puedes instalar) de las librerias:
mcrypt http://www.php.net/manual/en/ref.mcrypt.php
Con esas librerías puedes encriptar/des-encriptar tus datos que almacenes en tu BD ..
Así mismo no te olvides de usar SSL por ejemplo para el tramo "cliente<->Servidor".
Un saludo,
pd: Si vas a instalar mcrypt en windows .. revisa las FAQ's de este foro, tienes una guia de instalación.