Gracias a vuestras explicaciones realicé unas modificaciones y funciona:
Código PHP:
<?
if (($sec) && ($ssec) && ($pagina)) {
$ruta="$sec/$ssec/$pagina.php";
include($ruta); }
else if (($sec) && ($ssec) && (!$pagina)) {
$ruta="$sec/$ssec/index.php";
include($ruta); }
else if (($sec) && (!$ssec) && (!$pagina)) {
$ruta="$sec/index.php";
include($ruta); }
else{
include('principal.php'); }
?>
Gracias por vuestra ayuda.