Si, la funcion puede estar en otro fichero. Por ejemplo, tienes esa funcion en libreria.php y quieres llamar a esa funcion desde pagina.php. Solo tendiras que incluir libreria.php y llamar a la funcion:
Código PHP:
include (libreria.php);
codigoHTML();
Saludos.
PD: Quizas te vendria bien revisar este mensaje sobre plantillas:
http://www.forosdelweb.com/s/msg156986.html
Saludos.