Pues tienes muchas y en diferentes plataformas:
phpMyAdmin (
www.phpmyadmin.net)
Script escrito en PHP con interface HTML. Un clásico .. la mayoría de servicios de hosting lo usan así que es bueno conocerlo.
Mysql Studio (
www.mysqlstudio.com)
GUI (Graphical User Interface) para Mysql en plataforma windows. Es de pago. Incluye asistentes para realizar consultas SQL al estilo "Access" .. generación de reportes .. exportación/importación de datos desde numerosas fuentes de datos .. etc.
Mysql Manager (
www.mysqlmanager.com)
Idem al anterior. De pago y similares características.
SQL yog (
www.webyog.com/sqlyog)
Para Windows. De pago con una versión gratuita (creo).
Mysql Front End (????)
Versión Windows. Gratuito. Fué descontinuado su producción, pero en google seguro que lo encuentras "era" bueno.
Y también los tienes con interface Java (multiplataforma) y para Linux (bajo Xwindows: KDE y compañia), Mac ...
Un saludo,