Pues primero deberías definir un formato de datos .. tal vez CVS o uno própio tuyo ... Y, en función de ese formato ..asíi tendrás que leer el archivo y actualizar tus BD ...
El proceso de subir el archivo lo haces con las técnicas de "Upload" vía HTTP:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
(las FAQ's de este foro y el foro PHP está "sembrado" de mensajes al tema. Usa el buscador)
Y una vez el archivo en tu servidor .. lo procesas. Según el formato que uses, podrías hacerlo una simple sentencia SQL (LOAD DATA ....) o a base de creación de sentencias básicas de INSERT (o UPDATE si corresponde).
Un saludo,