Olvidate de phpmyadmin si trabajas con tablas MyIsam (las normales y por defecto) ... Mysql hasta el momento no trabaja bien la "integridad refencial" (no la soporta hasta que salga Mysql 5.0 o uses tablas Innob).
Cuando tu creas un registro de sub-categoria .. id_categoria .. la relación la estableces tu a mano .. osese, el campo lo has de crear en esa tabla .. y los datos que relaciones tendrás que ingresar ese dato en tus INSERT que hagas o UPDATE si corresponde.
La relación ..la estableces cuando se hace:
.... WHERE tabla_padre.id_tabla_padre=tabla_hija.id_tabla_pad re .. y el resto de tus condicionales si los requires AND .. OR .. etc
Y ..siempre haciendo referencia a que tabla corresponde el campo usando: tabla.(punto)campo ...
Si quires más detalles sobre eso, acude al foro de "Base de datos" donde te informaran sobre esos temas. phpMyadmin no va hacer ese trabajo por tí .. eres tu y tus consultas SQL que hagas las que determinaran si hay o no correspondencia entre los datos.
Repasa este tutorial también:
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=16
Un saludo,