Cita: es preferible dejarlo en "nunca"???
Si lo dejas en nunca, los HD siempre van a estar activos esten o haciendo algún proceso. Te aconsejo que hagas pruebas dejandolo con algún valor, esperar que se desactiven en ese tiempo, dejarlo así por unos 10 minutos y mover el mouse a ver si vuelven a activarse... si se activan, podrías dejarle alguna opción para que se desactiven en algún momento y solo cuando sea necesario se activarían.
Cita: afecta en algo si estoy degfragmentando el pc???
No afecta en nada ya que si el HD está activo, va a realizar esa tarea y luego de eso, va a comerzar a correr el tiempo para que se desactive.