Hola,
¿Y estas seguro que en $arreglo[1] esta ese valor? Si los valores son unicos en la lista, creo que seria mejor recorrer el array hasta encontrar el valor y eliminar ese indice. Algo asi:
Código PHP:
$valor=$_GET['parametro'];
if ($indice=array_search($valor,$arreglo)) {
unset($arreglo[$indice]);
} else {
echo "no existe el valor en el array";
}
Y lo que debes poner en el onclick, es javascript, asi que eso lo tendras que mirar en el foro de javascript.
Saludos.