Pues yo siempre lo hago desde phpmyadmin
Me meto en la base de datos, le doy a exportar, selecciono las tablas que quiero, marco "Añadir DROP TABLE" y "Completar los Inserts" y "Inserts extendidos", luego le pongo compresión ZIP y me lo guardo.
Así puedes guardar tu base de datos en un único archivo. Personalmente lo que yo hago es guardarlo en varios archivos, p. ej. la tabla de mensajes en uno, la de usuarios en otro... ya que cuando tienes una base de datos de 15 MB pues es mucha mejor opción
