Hola,
El problema es que es la descarga de un fichero. Si haces lo que comenta Cain, ese codigo se concatenara al final del fichero bajado.
No se si funcionara, pero prueba a hacer una redireccion (con header("Location")
www.php.net/header)despues del readfile() a una pagina que tenga el codigo javascript que te puso Cain.
No se si funcionara, nunca lo he usado.
Suerte.