Sucede por eso que comentas. Al hacer tu mysql_fetch_array() el puntero de esa consulta queda al final ... Debes de retroceder el puntero al inicio.
Para eso debes usar al final de tu primer bucle while() donde aplicas tu mysql_fetch_array():
mysql_data_seek()
http://www.php.net/manual/en/functio...-data-seek.php
Un saludo,
PD: .. el "inicio" sería el puntero 0 ..