Pues .. dile a los srs. de tu servicio de hosting que las extensiones PDF lib se han de hacer en el servidor con permisos de "root" .. y eso no creo que tengas tu esos permisos.
Las extensiones no són un "script" php más como son las classes por ejemplo. Requieren de compilación de PHP (en Linux) .. por eso, esa taréa es de ellos, no tuya como usuario de sus servicios de hosting (otra cosa es que se presten hacerlo ..)
En tal caso .. si no quieres depender de si A o B servidor tiene las PDF lib o no instaladas (que por cierto no es muy comun verlas ..en servicios de hosting) ..
Puedes usar alguna classe (esto es un script en PHP que no requiere más intalación que "subirlo" a tu servidor como cualquier otro tuyo .php ..).
Por ejemplo yo suelo recomendar la de R&OS:
http://www.ros.co.nz/pdf/
Tambien tienes las FPDF
http://www.fpdf.org/
Personalmente me agradan más las de R&OS (pese que las FPDF estén documentadas en castellano y las otras no .. Ahí decide tu que es lo que requieres o prueba ambas ...)
Esto te va a implicar "rehacer" denuevo tus aplicaciones que generan tus PDF; pues .. si bien "generan" archivos PDF .. los métodos/funciones que usan no son iguales que las PDF lib.
Un saludo,