Todas funcionan igual, solo depende de como se prepare el servidor web para tratarlas.
cuando eran los tiempos de PHP 3, lo común (y lo que usualmente tenian los servidores) era que los archivos .php3 eran parseados por el motor de PHP, pero al salir la version de PHP 4, se estableció que solo se usaría .php, aunque para efecto de compatibilidad se dejaron los servidores preparados para parsear los que tuvieran .php3, y algunos aventurados incluso agregaron la extension php4 para aquellos que quisieran seguir el mismo viejo patrón.
Por lo tanto, desde la version 4, lo normal es usar solo .php
