Además que sí!!!!
Bueno, desde luego te recomiendo que si entras en sociedad con alguien, lo hagas con confianza (claro que un poco de cautela no hace mal a nadie). Quizá tu "socio" está preguntando lo mismo en este u otro foro.
Te diría que depende de las circunstancias en las que os asociais.
Si vais a crear una socidad con todas las de la ley, es decir, ante notario, etc., El nombre de dominio debería formar parte del activo de la sociedad, por lo tanto, aunque esté a su nombre o al tuyo, ambos tendreis obligaciones y derechos respecto al dominio y cualquiera de los dos podrá reclamar su parte judicialmente, como puedes reclamar bienes inmuebles y/o mobiliario comprado en el conjunto de la sociedad.
Ahora bien, si tu sociedad es de "amigos" y me refiero a que no hay constitución de sociedad ni notarios de por medio, entonces, sí, el que tenga en su poder el dominio, tendrá el control y la propiedad del mismo.
Te sugeríria en este caso hacer un contrato entre tu socio y tu, mediante el cual, tu le pagas X cantidad y él te cede (a perpetuidad) el 50% de los derechos de explotación del nombre de dominio y el 50% sobre los derechos del web site.
Podéis acordar la administración conjunta del dominio, gestionándolo él durante un año y tu durante otro.
Todo esto en contrato privado y firmado por ambos.
Quizá te convenga visitar a un abogado para ver qué opciones hay y qué se puede hacer al respecto.
Te deseo suerte