Hola, así es, no queda otra que adaptarse, aparte no solo es porque Microsoft perdió el juicio, sino todos los navegadores que utilicen este tipo de tecnología se podrían ver afectado (bueh, todos los más populares Opera, Netscape, etc.).
Macromedia publicó un artículo para preparar los sitios web ante este inconveniente:
Preparing Websites with Active Content for Announced Browser Changes.
Por ahí leí que Macromedia ya esta preparando actualizaciones para sus productos basados en esta solución, pero no tengo el link.
Aquí esta lo que dice Microsoft y permite bajar la nueva versión de IE 6SP1b, que es la beta de la próxima versión, para ir checkeando estos cambios (aconsejado para desarrolladores):
Information for Developers about Changes to Internet Explorer y
Changes to the Default Handling of ActiveX Controls by Internet Explorer.
Saludos.....