Sigue siendo SQL lo que nececistas ..
SQL significa "Lenguaje Estructurado de Consultas". Al igual que ya sabes PHP o lo estás aprendiendo .. ahora toca aprender SQL para saber como "rescatar" y pedir datos (o insertarlos y actualizarlos) a tu Base de datos (Msyql en este caso .. o la que corresponda).
El "SQL" particular de cada motor de Base de datos (manejador) lo detalla en su web oficial .. en el caso de Mysql en:
www.mysql.com
Lo que propones .. no es mas que usar "condicionales", pero del lenguaje SQL:
SELECT * FROM tabla WHERE usuario='$usuario'
AND fecha > ($fechahoy+$noventadias)
Donde .. $fechahoy puede ser = time() (o NOW() si usas campos TIMESTAMP en tu tabla de tu BD) y $noventadias .. eso mismo 90 dias expresados en segundos (u obtenido con alguna de las funciones de tratamiento de fechas que tiene Mysql). (no he mirado mucho la condición .. pero esa es la idea .. Componer la condición)
Un saludo,