Hola,
Con un link asi, si no tienes dado permiso para conexiones anonimas, les saldra un cuadro pidiendo usuario y password (al menos en el IExplorer, otros navegadores no se).
Y para contar las veces que pichan en ese link, no deberia ser un link directo. Deberia ser a un script contador. El link seria por ejemplo
<a href="descarga.php?id=23">
Ese id identificaria el link en la base de datos. En descarga.php sumarias uno al contador de descargas del id. Ese contador puede ser una tabla en la BD con campos id y numero de links. descarga.php finalizaria con una redireccion a la URL original:
Código PHP:
header("Location: $url");
exit;
$url seria el valor leido de la bd para el id.
Saludos.