Tus fechas en tu BD .. que tipo de campo usas. Un DATE? DATETIME? .. un VARCHAR .. un INT? .. otro?
Supongo que usas un campo DATE (por lo que comentas de "phpMyadmin" .. que NO es que lo fuerce phpMyadmin .. sino que ASI es la estructura de fechas para ese tipo de campo DATE y que es standard "ODBC" ..)
Si trabajas con campos DATE en tu BD .. Mysql ya tiene su función DATE_FORMAT() (casi equivalente a date() de PHP) para formatear su salida al formato que gustes.
Así, al hacer tu "SELECT" para mostar esa fecha .. haces algo tipo:
SELECT DATE_FORMAT("formato",fecha) as mi_fecha,otroscampos FROM tabla ....
En tu $row['mi_fecha'] (si haces un tipico $row=mysql_fetch_array(...)) tendrás la fecha formateada a tu gusto. El "as" es un "alias" de esa función .. (así que tendras tu fecha y mi_fecha para que uses el que gustes)
mas info:
www.mysql.com/date_format
Lo mismo puedes hacer para ingresar fechas en ese campo DATE .. NO es necesario que siguas ese formato a la hora de introducirlos por tus formularios .. Pero, si que debes "entregarselos" en ese formato a Mysql en tu mysql_query() cuando lances tu INSERT .. o UPDATE (SQL).
Eso lo puedes solventar .. concatenando y/o aplicando explode() a tu $fecha "31/12/2003" para reordenar y dejar esa variable como: "12-31-2003" que es lo que necesita los campos DATE. (de esto creo que hay una FAQ que habla de ello).
Un saludo,