como identificas cada pregunta?, mediante un id o algo asi? Eso lo podrías usar para nombrar el radio button, algo asi
Código PHP:
<% do while not rs.EOF%> <tr>
<td><font size="1" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><%=rs("pregunta")%></font></td>
<td><div align="center">
<input type="radio" name="<%=rs("id_pregunta")%>" value="si">
</div></td>
<td><div align="center">
<input type="radio" name="><%=rs("id_pregunta")%>" value="no">
</div></td>
</tr>
<%
rs.MoveNext
loop%>