Puedes hacerlo con el subtitle workshop. Asimismo si no están sincronizados pues también los sincronizas con ese programa.
www.mundodivx.com/subtitulos/workshop.php
De todas formas si la vas a grabar como AVI, mejor metelos como archivo aparte, ya que al pegarlos se pierde algo de calidad. Luego en reproductores como bsplayer, viplay, etc. puedes cargar el subtitulo, ya sea de forma automática al abrir la peli (bsplayer) como manual.