Para que no te dé ese error, tienes que preguntar si existe el array $_POST['seleccion']... si existe, ejecutas el código... si no, haces otra cosa... por ejemplo un mensaje. Puedes utilizar isset() o empty(). Algo así:
Código PHP:
if (!empty($_POST['seleccion'])){
$link=mysql_connect("conexion");
mysql_select_db("db",$link);
echo $_POST['year'];
$lista=implode(',',$_POST['seleccion']);
$string="Update pagos Set ".$_POST['cu']."='".$_POST['f']."',".$_POST['mo']."='".$_POST['to']."' Where numero_alumno in(".$lista.") and semestre='".$_POST['se']."' and ano='".$_POST['year']."'";
$respuesta=mysql_query($string,$link);
}else{
echo "No se ha seleccionado ningún registro";
}
Ahora ya no deberías tener esos errores.
Saludos