Ahhh, se me olvidaba, google entra en las páginas como si fuera uno de nosotros y recoge todas las urls posible, yo creo que no le deberia afectar que sea así: a.php?id=3 a que sea así: a.php?3
Supongo que dara igual, encambio creo que indexa mejor cuando va por barras
www.dd.com/a/3
Un saludo
