bueno... esa encriptación debes hacerla en el script donde recoges las variables.
O sea algo así:
<form method="post" action="proceso.php">
<input type"text" name="nick">
<input type"password" name="pass">
<input type"submit" value="Entrar">
</form>
y en proceso.php recién encriptas:
$pass=md5($_POST['pass']);
y haces la consulta a la bd y todo lo que sigue...
saludos
