Con mysql_query() ejecutas comandos SQL en tu Mysql . .así que puedes usar toda la sintax típica de: "CREATE TABLE comosellame .. etc" en una variable ($sql="CREATE TABLE ...";) para luego ejecutarlo con mysql_query() (previo conexión a tu BD .. etc).
En tu servicio de hosting no usas ningún administrador de BD? .. tal vez phpMyadmin?
La conexión remota a tu Msyql de tu servidor sólo sería posible si tu usuario que conectas tiene permisos para ejecutar desde otro host que no sea el suyo (localhost ..). Tienes permisos para hacer esto?.
Tambien podrías llegar a instalar en tu sitio
www.phpMyadmin.net incluso .. si tu proveedor no te dá ya uno instalado par administrar tu Mysql ...
Un saludo,