En cuanto a lo primero: PHP-GTK necesita de las librerias GTK 1.x y del interprete de PHP como CGI o CLI y no como modulo de Apache, por lo cual te recomiendo que te bajes la version de PHP-GTK que hay en su pagina oficial
http://gtk.php.net y lo instales siguiendo los pasos que indica la instalación, o sino que lo hagas mediante el instalador PHPGTKInterpreter.
En cuanto a lo segundo, PHP-GTK sirve para hacer aplicaciones de escritorio, aplicaciones GUI, si quieres comprobar el codigo de barras via puerto serie o paralelo mediante un Hardware, necesitas hacer una libreria que interactue con el Hardware y acontinuacion hacer un wrapper para usarlo en PHP, si existe ya esa libreiria programada en C o C++ (seguro que existe), tan solo tendras que hacer el WRAPPER, para ello necesitaras conocer la API de Zend y programarla
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En
www.zonaphp.com tienes una pequeña introduccion a la API de Zend y a PHP-GTK asi que mejor si las lees
Saludos!!!