Buena Duda

[karlo_]

es simple.
creas una tabla general como la del ejemplo de biologia, pero le agregas al lado del Id_estudiante, CODIGO_MATERIA

y cada materia tiene un codigo:
BI = BIOLOGIA
MA = MATEMATICAS
etc.
estos codigos o bien los puedes tener en un fichero, almacenados en un array asi:
$codigos_materia = array('ma' => 'matematicas', 'bi' => 'biologia', 'etc'=> 'etcetera');

o bien en otra tabla llamada "materias"
en donde tienes las columnas:
codigo_materia, nombre_materia
y cada vez que quiras cargar la lista, tendras que hacer una Query y hacer un JOIN con la tablas.
Si no eres tan experto, y tampoco quieres que las materias se modifiquen via web (eso quiere decir que seran relativamente fijas), entonces no tienes que cambiarlas.... meteleo todo en un array. Y cuando necesites agregar alguna materia, lo haces manualmente.

Bueno, eso es todo.
cualquier duda pregunta (de manera inteligente)
si no soy yo, alguien seguro respondera,