Yo utilizo esta solucion, a mi me sirve, espero que a vos tambien
<?
if (eregi("ARCHIVO.EXTENSION",$_SERVER['PHP_SELF'])) {
Header("Location:
http://PAGINA A DONDE SE REDIRIGE SI ACCEDEN AL ARCHIVO");
}
?>
Pone esto delante de cada archivo PHP que no quieras que accedan, y que solo quieras que se pueda incluir en otro archivo.
Un saludo