Las funciones es mejor que las agrupes en scripts (archivos) que tengan realación ..
Tienes que tener encuenta el ambito de las variables que usas en tus funciones. Si defines variables -fuera- de tu función .. debes de pasarselas como parámetro o declararas como globales en la función para poder acceder a esas variables en la función .. Lo mismo para las variables que desees usar -fuera- de tu función y hayas trabajado en tu función .. debes declararlas como globales o bien hacer un "return" de la que te interese (o si son varias .. en un array).
Lee este apartado de este tutorial:
http://www.rinconastur.com/php/php50.php
Un saludo,