Hola Miguelvq, ¿Has mirado si la posición de esa capa está al menos igual o superior a la de la tabla? como por ejemplo:
<table width="770" border="0">
<tr>
<td><div id="Layer1" style="position:absolute; width:200px; height:115px; z-index:1"> AQUI INTRODUCES EL OBJETO FLASH.SWF
</div></td>
<td> </td>
</tr>
</table>
O si no posiblemente sea por que tengas el layer fuera de la tabla, no se me ocurre otra opción espero que te sirva de algo
Un saludo
