Pues ese es un problema típico del virtualdub, pues no soporta audio MP3 VBR (ése es el formato que tiene tu peli, ya que dices que salta un aviso...). La solución, olvidarte para siempre del virtualdub y pasarte al virtualdubmod. Muy parecido, pero con soporte para muchas más cosas.
Concretamente para dividir un AVI:
http://www.mundodivx.com/varios/divi...age=dividiravi