Albertron, la gran diferencia que tenes entre ambas cosas es que con flash podes hacer un front end "all in one" es decir no necesitas refrescar el browser o que el usuario cargue varios formularios hasta llegar a lo que quiere, con flash lo podes hacer todo en la misma ventana y que las cosas se esten modificacando a medida que se intereactua con el y TODO en la misma ventana.
Tambien tene en cuetna que si esta bien realizada es todo MAS!!!!
mas presentable
mas intuitiva
mas usable
mas agradable
mas comercial
y tambien hay que decirlo
mas trabajosa
mas complicada de realizar, pero para mi lo vale.
si queres un poco de referencia mira esta pagina, no es de lo mejor que hice pero esta trabaja toda con php y mysql
http://www.solucionesvariables.com.ar
suerte y saludos