'nas...
pues no sé yo si habrá una forma más simple de hacerlo, pero la única que me ha funcionado es convirtiéndolo a number, sumarlo, convertirlo a string, darle de nuevo el formato y devolverlo.
Te dejo el ejemplo que con el que he estado jugando a ver si te sirve
<script language="JavaScript">
function pepe(cual){
perico1 = new Number(cual.pepe1.value.replace(/\,/,""))
perico2 = new Number(cual.pepe2.value.replace(/\,/,""))
perico3 = perico1 + perico2
lar = perico3.toString().substring(0,(perico3.toString() .indexOf('\.')-1)).length
var numerillos = ""
for(m=lar; m>=0;m--){
numerillos += perico3.toString().charAt(m)
if((m%3) ==0 && m > 0){
numerillos += ","
}
}
numerillos +=perico3.toString().substr(perico3.toString().ind exOf('\.'))
cual.valorFinal.value = numerillos
}
</script>
</head>
<body>
<form name="form1" method="post" action="">
<p>
<input name="pepe1" type="text" value="2,500.00">
<input name="pepe2" type="text" value="12.8">
<input type="button" name="Submit" value="Botón" onClick="pepe(this.form)">
</p>
<p>
<input type="text" name="valorFinal">
</p>
</form>
yá me contarás...