¿El valor de tu $usuario_datos['menu1']; en aut_verifica.inc.php .. lo obtienes correctamente?.
En las páginas autentificadas que usas $_SESSION['id'] y demás variables de sesión .. ¿Obtienes sus valores (todas o algunas variables de sesión)?
Por defecto .. aut_verifica.inc.php ya hace un session_start() (si es que no tocastes ahí el código y usa el nombre de la sesión que se indique (hace un session_name() ...) así que si sólo añadistes más variables de sesión y su correspondiente lógica para obtener tus datos de "menuX" de done provengan .. no deberías tener problemas.
Confirma si obtienes los valores de tus variables de sesión (por lo menos las que crea Autentificator).
En tu código javascript debes llamar a las varibles vìa echo:
Código PHP:
<? echo $valor_1; ?>
(o su forma abreviada <?=$valor_1 ?> ..)
siempre y cuando .. definas ese valor de $valor_1 antes de llamarlo .. por supuesto.
Un saludo,