Hola,
Puedes usar la logica contraria. En vez de asignar permisos a los usuario para acceder a las secciones, asigna usuarios (o grupos de usuarios) a las secciones con cierto nivel de permisos. Es decir, tienes una tabla de usuarios sin informacion de permisos, otra tabla con las secciones tambien sin permisos, y luego otra tabla que relaciona la seccion y el usuario y su nivel de acceso. Luego en tu gestion de secciones defines para cada seccion que usuarios tienen acceso y de que nivel.
Incluso si tienes las secciones en una jerarquia, puedes "heredar" los permisos de la seccion padre simplemente mirando los permisos de la seccion padre.
Creo que el nombre tecnico es ACL (Access Control Lists, listas de control de acceso). En
http://phpgacl.sourceforge.net/ tienes una libreria que implementa esto.
Espero haber sido de ayuda.
Suerte.