Hola,
Por poder, PHP si puede escribir ficheros binarios. Puede que te sirva la funcion pack() (
www.php.net/pack) para generar las cadenas a escribir en el fichero con fwrite() (
www.php.net/fwrite).
Aunque si lo uqe quieres es reducir el espacio en disco que ocupan, puedes conprimirlos con las funciones de zlib (
www.php.net/zlib). Posiblemente sea mas eficaz que crearte tu propio generador/lector de binario.
Saludos.