Mysql tiene su driver ODBC: MyODBC .. lo instalas en el equipo que corra Mysql y ya podrás acceder a tus BD de Msyql por funciones ODBC del lenguaje de programación que uses (en tu caso Java .. pódria ser ASP, Visual Basic ..etc)
En la máquina "cliente" sólo tendras que crear el DSN de usuario para conectarte a tu funete de datos ODBC creada por el driver MyODBC.
El tema de automatización de la isntalación .. En cuanto al "cliente" y la creación del DSN de usuario .. puedes evitartelo si con las funciones Java de acceso a ODBC lo haces directamente. "DSN Less" le llaman a la cadena de conexión en otros lenguajes ...
En la parte "servidor" .. Mysql para windows al menos se instala "a doble click -> aceptar ->aceptar" y poco más .. el driver ODBC Myodbc casi lo mismo .. pero todo en un paquete .. no sé si abrá pero .. tal vez podrías usar alguna aplicación que crea paquetes de instalación para la instalación de lo que requieres (Mysql y MyODBC) ..
Más info:
http://www.mysql.com/products/myodbc/index.html
Un saludo,