Yo personalmente tras practicar con unas y otras he preferido hacerlo con capas, las tablas son más comodas y rapidas para trabajar aunque si son con porcentajes tardan más en cargar, pero a la vez cuando cambias de resolución se adapta al tamaño dela pantalla, aunque prefiero las capas por eso mismo creo que pesan menos e incluso las puedes manejar a tu antojo y colocarla en más posiciones diferentes que una tabla, y si encima usas algo de css mejor que mejor, es lo que yo creo hasta el momento.
Un saludo
