Da más datos... ¿de que programa se trata y link a la web para ojearlo? ¿Que distro usas? Descomprime el archivo, dentro verás un archivo INSTALL que te dará instrucciones de como instalarlo.
La forma "standard" es, en consola:
./configure (enter)
make (enter)
make install (enter) <-- esto hazlo como root
opcional: make clean (limpia los archivos objeto)
Despues, lo normal es teclear el nombre del programa para ejecutarlo.
Si no te gusta:
make unistall (enter) y se acabó
Si usas redhat, hay un cliente muy bueno Gftp, al menos en redhat viene "de serie". Suerte.