Usa ruta absoluta en las direcciones que usas así podrás llamar a tu código que a su vez llama a otros (include()) sin problema de rutas.
La ruta absoluta la puedes obtener con $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] .. así que podrías componer tus include() tipo:
Código PHP:
include($_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/modules/historia.php");
Eso te generá un path (ruta) absoluta tipo:
/var/nose/www/public_html/modules/historia.php
Siendo lo marcado en
rojo tu ruta absoluta dada por DOCUMENT_ROOT (podría ser c:\nose\mispagiasweb .. en un sistema Windows .. lo anterior sería para Linux).
Un saludo,