Bueno, si hay que darle a un link una dirección distinta de la cargada previamente (que es el caso) debes re-escribirla en forma dinámica. Así que dale un id al link al que se le deba asignar ese valor y desde el botón en donde cambias la visibilidad a las capas añades una tercera sentencia tal que así:
<a
id="link" href=\"articulos.php?categor=$categor&subcategor=$ idsubcategoria\" target=\"main\">$nombre</a>
onclick="document.getElementById('divMenu').style. visibility ='visible'; document.GetElementById('divPrincipal').style.visi bility='hidden'
;document.getElementById('link').href='articulos.p hp?categor=' + 1">
A ver si eso te sirve
