Cita: otra cosa para explicarme mejor el problema ke tengo es mandar los resultados al frame principal desde el popup.
Todo lo que trabajes entre frames y/o ventanas en el navegador -antes- de enviarlo al servidor (PHP) son temas que los trates de resolver en Javascript/HTML.
Tambien recuerda .. que para "enviar" datos a PHP se puede hacer desde un formulario . desde un link (con acción manual) .. o bien desde javacsript que haga una redirección/recarga de página o incluso un "submit" automático de un formulario.
Con esos "principios" claros .. veras que te resulta más facil localizar el problema que tienes y en consecuencia enfocar tu pregunta al foro adecuado.
Un saludo,